L'origine d'Anaïa est liée à des racines hébraïques, où il est souvent rattaché au prénom Ana, signifiant « grâce » ou « faveur ». Il se présente comme une forme dérivée, enrichie d'une terminaison en -ia qui confère une dimension plus lyrique et aérienne. Il est également rapproché de racines basques, où certains prénoms se terminant par -a marquent une appartenance forte à la terre et à l'identité régionale.