Habibatou est une variante africaine du prénom arabe Habibah, qui provient de la racine H-B-B. Cette racine est associée à l'amour, l'amitié et l'affection. La terminaison en -ou, fréquente dans de nombreuses langues ouest-africaines comme le wolof, le mandingue ou le peul, apporte une forme d'hypocoristique affectueux au prénom racine. Il s'est diffusé en France via les pays d'Afrique de l'Ouest, s'inscrivant dans la richesse des prénoms porteurs de sens relationnel.