Le prénom Mathys est une variante graphique du prénom Matthieu, lui-même issu de l'hébreu Matityahou. Cette racine sémitique se décompose en deux éléments : matityah, signifiant 'don', et Yah, abréviation du nom divin YHWH. L'étymologie complète se traduit littéralement par 'Don de Dieu' ou 'cadeau de Dieu'. Sous ses formes anciennes, le prénom est passé par le grec Matthaios, puis le latin Matthaeus, avant de se fixer dans les langues romanes sous diverses déclinaisons.