Lilio trouve sa racine dans le terme latin 'lilium', désignant le lys. Cette fleur, symbole universel de pureté et de royauté dans l'iconographie occidentale, a largement irrigué l'onomastique européenne. Si Lilio s'inscrit dans cette filiation végétale et latine, il se distingue par une terminaison en o qui lui confère une modernité typiquement méditerranéenne, s'éloignant des formes plus classiques comme Lili ou Lilian.